MP3とAAC、どちらが良いのかという問題について、今のところの考えです。
私個人の認識なので正しいとは限りませんが、メリット・デメリットを考えるとこんな感じですかね。
AAC: 新しい規格だけあって、MP3より圧縮効率が良い。特に低ビットレート時にも音質の劣化が目立たない。iTunesが採用している。
MP3: 古い規格なので、AACより圧縮効率に劣るが、普及率が非常に高くどんなポータブルプレイヤーでも再生できる。高ビットレートではAACと音質の差はほとんど感じられない。
というわけで、高ビットレートにすれば、MP3でも十分な音質ですし、汎用性という部分を考えると、なんだかんだでMP3の方が使い易いんですよね。
PCの音楽管理ですが、Winampを使い出したものの、同期の設定が思い通りにならない、動作が不安定などの理由などにより、WMPに戻りました。インターフェイスはWinampの方が好きなんですけどね。
WMPをプラグインを使ってAACをライブラリに追加できるようにしましたが、タグ編集不可だったり、携帯に転送するときにAACをWMAに変換できなかったりと不便です。Windows7のWMP12からAAC標準対応になったそうなので、それが羨ましいです。