unitemovie.exeを起動して、ファイルをドロップして、[結合]を押せば良いかと思います。

「FLVのフォーマットが異なるためフォーマットできません」
となるのなら、次の情報が、参考になるでしょう。
FlashVideoを結合する場合、下記フォーマットが同じである必要があります。
・映像の質(コーデック・幅・高さ・フレームレート)
・音声の質(コーデック・ステレオ・16Bit/8Bit)
この制限は、「FLVファイルを強制的に結合する」オプションをONにすると解除されますが
結合後のファイルがAVIに変換できなくなる場合があります。
※ 多少無茶な結合でも、プレーヤーでの再生には影響ない場合が多いです。

いやー、お役に立てて嬉しいです。
やっぱり、使えますよね!!
私は紹介したに過ぎないので、ソフトの作者さんにも感謝してあげてください。